Entendi que você tem pimenta-de-cheiro com folhas “bem feias” (amareladas, manchadas, enroladas ou com partes secas) e outras mudas começando que você quer proteger — vou usar essas descrições para os passos a seguir.

Ação imediata (faça agora, em ordem):

1. Inspeção rápida e limpeza — sem drama: vire folhas por baixo e remova à mão folhas muito danificadas ou com muitas manchas/necrose; coloque-as num saco e queime ou descarte longe do canteiro (não compostar se estiver com manchas escuras/gordurosas).
2. Lave as plantas — jato forte de água pela manhã para derrubar ácaros, pulgões e sujeira. Mire especialmente a face inferior das folhas e a junção caule/folha.
3. Controle suave orgânico contra pragas (se ver pequenos insetos, teias finas ou pontinhos brancos): prepare um sabão inseticida caseiro — 1 colher de chá de sabão de coco ou detergente neutro por 1 litro de água; pulverize folhas por baixo e por cima no início da manhã ou no fim da tarde (não em sol forte). Repita 3 vezes, com intervalo de 4–7 dias. Como alternativa/adição, se tiver óleo de nim (neem), use ~4–6 ml por litro + uma gota de sabão como emulsificante, pulverizando só de manhã cedo ou ao anoitecer.
4. Se suspeita de fungo (manchas circulares, bolor, ou aspecto “embaçado”): retire folhas muito afetadas e aumente circulação de ar; evite molhar folhas ao regar. Pode usar uma solução leve de bicarbonato de sódio (1 colher de chá em 1 L de água + umas gotas de sabão) à tarde/noite se decidir tratar; aplique com cautela (evite sol forte depois, pois pode queimar).
5. Rega e microclima — prioridade na Caatinga com dia de 36°C e sem chuva: regue profundamente pela manhã (não borrife à tarde/noite se houver risco de fungo), mantendo o solo úmido, não encharcado. Mulche com palha ou cobertura orgânica de 3–5 cm para conservar água e reduzir choque térmico nas raízes. Se o sol estiver muito forte nas horas centrais, providencie sombreamento leve (tela 30–50%) nas horas mais quentes por alguns dias.
6. Nutrição orgânica leve — as plantas com folhas amareladas muitas vezes respondem bem a adubo orgânico: espalhe uma colher grande (sopa) de húmus/vernicomposto por planta (ou um punhado pequeno de composto maduro) e incorpore levemente; regue depois. Evite adubação nitrogenada forte em plantas muito estressadas.
7. Descarte e quarentena — plantas muito comprometidas (muitas folhas mortas ou lesões extensas) retire do local e destrua; não compostar material com sinais claros de doença bacteriana/fúngica.

Como agir para as mudas que estão começando (prevenção imediata):

• Plante em mistura drenante e rica (terra + composto + um pouco de areia grossa se o vaso/pote reter água).
• Regue de manhã, mantenha leve sombreamento nas primeiras semanas e mulche fininho.
• Faça lavagem semanal suave (jato de água) e inspeção visual; atue com sabão inseticida ao primeiro sinal de pulgões/ácaros.
• Estimule biodiversidade: uma florzinha próxima (manjericão, tagetes, ervilhaca) atrai inimigos naturais e ajuda a reduzir pragas.

Sinais rápidos para escolher a causa mais provável (baseado no que você descreveu e no clima): em regiões quentes e secas, o mais comum é estresse hídrico + ataque de ácaros/trips/pulgões; se as manchas forem escuras e “molhadas”, pense em bactéria/fungo. A primeira linha de ação útil em ambos os casos é limpeza, lavagem e manejo de água; só depois aplicar sabão/óleo natural ou bicarbonato conforme o sinal.

Prazo de resposta: você verá queda de pragas imediatamente após a lavagem; melhora no aspecto geral e brotações novas em 2–4 semanas se mantiver rega, sombra temporária e adubação orgânica leve. A folhagem já danificada não volta — as folhas novas é que devem sair saudáveis.

Faça esses passos agora: lave com jato forte pela manhã, remova folhas muito afetadas, aplique sabão inseticida caseiro (se houver insetos) e coloque mulch + sombra leve durante as horas mais quentes. Isso estabiliza a planta e protege as mudas em formação.