Oi João Paulo — que chato esse fungo no limoeiro, mas dá pra recuperar com manejo orgânico! Vou indicar o que é mais provável (e o que fazer) com base no seu local (Mata Atlântica, clima quente) e no fato de as mudas terem só 1 mês — três problemas são os mais comuns e as ações para cada um.

Possíveis causas (mais prováveis)

• Greasy spot (mancha gordurosa): manchas amarronzadas nas folhas — começa abaixo e causa queda foliar. Comum em clima úmido.
• Antracnose (ou fungos de folha/fruto): manchas escuras em frutos e brotações novas, ramos com seca de pontas.
• Mofo fuliginoso (sooty mold): camada preta sobre folhas/frutos — normalmente secundário a pulgões/cochonilhas que produzem melada.
  Também considere podridão de raízes (Phytophthora) se as plantas murcham ou ficam com crescimento muito fraco — mais ligado a encharcamento.

Medidas imediatas (prioridade — comece agora)

1. Remoção e descarte: recolha folhas e frutos com sintomas e retire do pomar. Não deixe no chão. Se puder, queime ou descarte fora da área; só compostar se tiver um processo de compostagem muito quente (>60 °C). Isso corta a fonte de esporos.
2. Limpeza e poda leve: abra a copa para melhorar ventilação e entrada de sol (corte ramos muito próximos/entrelaçados). Remova brotos doentes. Limpe as ferramentas entre cortes com água quente e sabão e seque bem para evitar espalhar o patógeno.
3. Ajuste de irrigação: regue no solo, pela manhã, profundamente e com menor frequência; evite molhar folhas e irrigar no fim do dia. Se o solo ficar encharcado, faça drenos, canteiros elevados ou melhore o substrato com matéria orgânica e areia grossa.
4. Controle de pragas sugadoras (se houver mofo fuliginoso): aplique sabão inseticida ou calda de Neem (preparos à base de óleo de nim) para reduzir pulgões, cochonilhas e mosca-branca — menos pragas = menos melada e menos mofo. Reaplique a cada 7–10 dias enquanto houver infestação.
5. Biocontrole e reforço do solo: aplique Trichoderma ou inoculantes à base de Bacillus (disponíveis como biofungicidas orgânicos) no solo para proteger raízes; pulverize Bacillus subtilis foliarmente para reduzir fungos em folhas/frutos (seguir instruções do produto orgânico). Neem também ajuda em doenças superficiais e fitossanitariamente controla pragas.
6. Nutrição equilibrada: evite adubação nitrogenada alta agora — excesso de N favorece brotação tenra e doenças. Use composto bem curtido, esterco bem decomposto e fertilizantes orgânicos balanceados; corrigir deficiências de cálcio e boro se houver queima de frutos.
7. Para casos de podridão de raiz: se notar murcha persistente e encharque, escave um pé e verifique raízes (marrons, moles = podridão). Corte raízes podres, troque o substrato por mistura mais drenante, aplique Trichoderma e replante em leve aclive/elevação para drenar água. Em plantas muito afetadas, substitua o material e replaneje o local com melhor drenagem.

Rotina de prevenção (médio prazo)

• Manter solo coberto com mulch orgânico, mas afastado 10–15 cm do tronco.
• Evitar poda em dias chuvosos; podas no período seco reduzem riscos.
• Fazer aplicações preventivas de Bacillus/Trichoderma ou caldas orgânicas a cada 2–4 semanas na época chuvosa.
• Promover inimigos naturais (joaninhas, crisopídeos) e manejo de plantio consorciado para equilíbrio.
• Evitar compactação do solo ao redor das raízes (não andar demais na linha de plantio).

Observação sobre o timing: como agora (inverno local) está seco e ensolarado, aproveite para limpar o pomar, podar e aplicar os tratamentos biológicos — essas medidas serão mais eficazes antes de qualquer chuva.

Comece hoje recolhendo e descartando o material doente, abrindo a copa para ventilação, ajustando a irrigação e aplicando um produto biológico para raiz (Trichoderma) e um spray de Bacillus/Neem conforme disponível — isso vai cortar a fonte do fungo e dar força para as mudas novas se estabelecerem.